核酸适配体筛选过程中,单链制备是非常重要的一步,单链的质量也关乎筛选的成败。上一个专题我们已经介绍了用长短链方法制备ssDNA的切胶、碎胶、煮胶的步骤。本次专题主要介绍如何将煮沸出来的约2ml包含DNA的溶液浓缩和纯化。
透析是利用半透膜将小分子和大分子分离的一种技术,已成为生物化学实验室最简便最常用的分离纯化技术之一。在生物大分子的制备过程中,除盐、除少量有机溶剂、除去生物小分子杂质和浓缩样品等都要用到透析的技术。 通常半透膜制成的透析袋作为工具,无法处理微量样品。核酸适配体筛选得到的aptamer文库,如果要保持较高浓度用于下一轮筛选,通常体积大概会在200ul以内,针对这种微量样品的透析,目前的手段比较有限,文章介绍了一种简便的方法和小工具,可以方便的用于微量样品的透析。
核酸适配体筛选过程中,单链制备是非常重要的一步,单链的质量也关乎筛选的成败。单链制备方法有多种,发表文献里常见的方法有以下几种:1、Biotin修饰引物后用SA磁珠分离方法;2、长短链法;将反义链加长,需要电泳跑胶分离两条链;3、酶解法:可以使用lambda酶切,成本较低,但是可能出现不完全酶切;4、不对称PCR法:条件不是很好控制。
核酸适配体筛选中的乳浊液PCR(emulsion PCR)是利用油包水乳液体系中的微液滴作为反应器进行的PCR扩增体系。近年来乳浊液PCR在生物医学领域的应用越来越广,可以实现在每个微液滴中进行单分子模板的扩增反应,从而避免常规PCR扩增过程中出现的扩增偏好(PCR bias)问题,提升核酸适配体的筛选成功率